马拉加的漫长历史由于各种不同文明的交织及其留下的踪迹而变得十分丰富。马拉加，于公元前800年由腓尼基人建立，名字源于腓尼基语“Malaka” (腌鱼的地方), 在公元前1100年加迪斯( Gadir , Cádiz)殖民地建立后马拉加被用作商业飞地。后来经过七十年希腊人统治时期，马拉加又被迦太基人占领。但是在公元前202年旷日持久的布匿战争以罗马人的胜利而告终后 ，马拉加又陷入了罗马人统治，并且被更名为 Flavia Malacita。马拉加久而久之成了连接伊比利亚半岛和地中海各个海港的重要的商业交通枢纽。阿拉伯堡垒“Alcazaba”下面的罗马剧院就是那个时期的建筑。撇开它很小的占地面积，它可是整个西班牙历史最悠久的建筑之一。
罗马帝国灭亡后，马拉加又迎来了大批移民，如日耳曼部落尤其是从东部而来的汪达尔部落的定居。在公元八世纪初期随着哥特王朝的衰败，阿拉伯人从北非海岸线开始入侵伊比利亚半岛。
此后的743年里马拉加在阿拉伯人统治下，渐渐转变成一个更加繁荣的商业中心，一个嵌有五个大门的城墙将其环绕。一条横跨东西的大路连接着海港和Alcazaba城墙内区，联通众城郊，组成了这个商业中心。城郊由热亚那商人和远离其他城镇独立居住的犹太人占据。公元13世纪，阿卜杜拉赫曼三世下令修建“La Puerta de Atarazanas”（阿拉伯语“船之门”)，它的位置就是现今马拉加中心市场的入口处。尽管西班牙军队从14世纪起开始屡次征战，直到15世纪末期才在天主教双王的领导下成功收复失地。
1487年8月19日，马拉加被攻破并收复(最后一座被收复的城市是格拉纳达，于1492年)。伴随着征战，宗教团体在城市发展中起到了重大作用，因为他们将周围城郊团结起来。一个大广场——中心广场被首次修建起来，就是现今的宪法广场(Plaza de la Constitución)。维多利亚和三位一体修道院也被建立起来。十六和十七世纪 的最主要历史事件包括：因驱逐已经皈依基督教的摩尔人引发的危机（因为当时有很多摩尔人口称皈依基督教，而背地里依然奉行原有的信仰）、十分糟糕的收成、 Guadalmedina河水泛滥引发的洪水以及流行病。
十七世纪时，海港被建立，之后又被扩建。虽然马拉加大教堂在1528年开始动工，直到十八世纪才竣工，当时正值巴洛克艺术晚期。在同一时期，港口再次被扩建。这样，对前几个世纪复原工程被重新激活。
