La lunga storia di Malaga è stata arricchita da molte civiltà che sono passate ed hanno lasciato le loro tracci nella nostre terre uniche. Malaga, con il nome "Malaka" (luogo della salatura del pesce, fu fondata dai Fenici circa nel 800 a.C., ed era utilizzata come zona franca per il commercio a seguito della colonizzazione che iniziò nel 1100 a.C. con la fondazione di Gadir (Cádiz). Dopo 70 anni di dominazione Greca, Malaga fu conquistata dai Cartaginesi, ma in seguito alla Guerra Punica che finì nel 202 a.C. con la vittoria Romana, Malaga cadde sotto la pressione dei Romani e fu collegata con gli altri centri Romani della Penisola ed i porti del Mar Mediterraneo. Il teatro Romano, nella parte inferiore della fortezza Araba "Alcazaba", risale a questa epoca e, nonostante le sue piccole dimensioni, è uno dei più antichi della Spagna.
Dopo la caduta dell'Impero Romano, Malaga fu influenzata da grosse migrazioni e insediamenti delle tribù Tedesche, in particolare dei vandali Silinge che introdussero il Credo Ariano orientale. All'inizio dell'ottavo Secolo, iniziò il decadimento della monarchia Gotica, e dalle coste del Nord Africa gli Arabi invasero la Penisola Iberica.
Malaga cadde sotto il loro dominio nel 746. Malaga diventò una città fiorente, circondata da alte mura con cinque grandissimi cancelli. Numerose quartieri periferici erano collegati alla città per mezzo di una strada che trapassava Malaga da est o ovest, unendo il porto e l'Alcazaba con le parti interne alle mura. Le periferie furono occupate da mercanti Genovesi e Ebrei che si trasferirono in modo indipendente rispetto al resto della città. Abderramán III fece costruire 'La Puerta de Atarazanas’ nel 13esimo Secolo (che oggi è l'accesso al mercato centrale). Nonostante i primi tentativi di conquista ebbero luogo nel 14esimo Secolo, non fu fino alla fine del 15esimo Secolo quando i Re Cattolici la raggiunsero.
Malaga fu conquistata il 19 Agosto del 1487 (l'ultima città ad essere stata conquistata fu Granada nel 1492). Insieme alla conquista, le comunità religiose furono fondamentali nella crescita urbana, poiché svilupparono l'integrazione delle periferie vicine. Una grossa piazza fu costruita per la prima volta, la piazza principale (oggi Piazza della Costituzione), e furono fondati i Conventi Vittoria e Trinit. Il Sedicesimo e Diciassettesimo Secolo furono caratterizzati dalla crisi che fu provocata dall'espulsione da una parte dei Mori che si erano convertiti al Cristianesimo, dall'altra dai cattivi raccolti, inondazioni causate dello straripamento del fiume Guadalmedina, e dalle epidemie.
Nel Diciassettesimo Secolo, fu costruito il porto ed in seguito esteso. Nonostante i lavori alla Cattedrale iniziarono nel 1528, non finirono fino al Diciottesimo Secolo, quando il Barocco era già in uno stato avanzato. Nello stesso periodo, fu costruita un'altra estensione del posto e così fu riattivato il recupero dei Secoli precedenti.